在釀造業中木瓜蛋白酶用于制麥芽壞人用于啤酒、果汁的澄清和防凍，避免某些蛋白質在偏酸條件下沉淀，阻止冷藏過程中冷濁的形成。
木瓜蛋白酶對肉類和魚類蛋白質水解效果顯著，是加工調味劑和水解蛋白首選的蛋白水解酶，以此在肉食工業屠宰前和屠宰后使用木瓜蛋白質均可將肉嫩化。
此外，木瓜蛋白酶可增加豆類食品的蛋白質分解指數和氮溶解指數，從而生產出可溶性蛋白制品及含豆粉的谷類食物和飲料，如脫水豆類、果醬、水果色拉等。
根據以上幾種特性，為三只瓜食品發展番木瓜產業，提供了往綠色健康食品添加劑方向發展的可能。
